2666的五部分讲述了五个独立又彼此呼应的故事。第一部分《文学评论家》讲述四个来自欧洲不同地区（英法西意）的文学评论家，因为共同喜欢及研究一位德国作家阿琴波尔迪而成为朋友进而成为情人的故事。几人得知阿琴波尔迪曾在墨西哥现身时，便共同前往。这个部分的基调很平静，甚至有轻喜剧般的轻松可人。但进入尾声时，气氛开始诡异起来，有很强的梦幻色彩。
第二部分《阿玛尔菲塔诺》是举家迁居到墨西哥的智利教授的故事。在第一部分里他曾是几位评论家的向导，因为他宣称曾与阿琴波尔迪有一面之缘。这一部分里，几位评论家已不见踪影，只留下这位日渐迷幻的教授，他不只能听到死人对自己说话，更是在某天效法杜尚，把一本偶然发现的几何学著作挂在自家的晾衣绳上，看风吹动书页。这部分也交待了教授的妻子迷恋上一位疯诗人抛家弃女的情节。这部分的情绪相对来说超现实，很迷幻。气氛压抑诡谲。甚至配有一些另人费解的图示。
第三部分《法特》，一位纽约《黑色黎明》杂志的黑人记者，因同刊的拳击口记者遇害身亡，接替那人来到墨西哥报道一场拳击赛。在这里，他结识了一批各地媒体同僚，还遇到阿玛尔菲塔诺的女儿。他逐渐地了解到在这个墨西哥北方城市圣特莱莎发生了多起杀害妇女的案件，手段残忍，抛尸荒野，他想进行报道，但困难重重。这部分写法上非常写实，叙述简洁有力。特别之处在于（也贯穿于2666全书），线性叙事之间，穿插有非常多的“离题”之言，比如法特乘飞机时听乘客讲的一段海上求生故事，寻访某人时在教堂听到的大段个人独白，某个美国导演的八卦等等。再如前文那晒书的杜尚，也特书了一段。这部分的结尾交待法特在某人帮助下到监狱找一个这些连环杀人案的嫌犯采访，可在见到那人时，却不知道该问些什么了。
第四部分《罪行》可说是全书的高潮部分。这部分看似警方档案，因为按时间顺序记录了自1993年1月到1997年12月，每月甚至每周发生的一起或多起杀害妇女案件，简明扼要，某时某地某人被谁谁发现，死状如何，衣物怎样，周遭环境，死者有否确认身份，法医学检测死因是何，有否嫌犯，警方又是怎样处理的。当然其间穿插了警方故事，贩毒集团背景，政治人物干预，来自FBI的侦探，亵渎教堂的“忏悔者”，能预言未来的女巫师，监狱中呼风唤雨的嫌犯（此嫌犯与第三部分结尾那位巨人嫌犯联系起来），等等。这部分“警方报告”的罗列，让人震惊愤怒，继而失望无奈，直到只能接受这现实的残酷。对读者而言，阅读这部分将会是一次极为震撼的心理过程。
第五部分《阿琴波尔迪》回归开篇引入的悬念人物，他出场了。这个部分甚至可作为独立的历史小说阅读，讲述了阿琴波尔迪的一生，他的出生，成长，贵族家的用人生活，参军，二战，与家人失散，目睹酷刑，成为战俘，耳闻屠犹亲历，开始写作，一家汉堡出版社社长的高度认可关注甚至是资助，传闻其极有可能得到诺贝尔文学奖，隐姓埋名混迹于欧洲各地，再到遇见家人，直到决定去圣特莱莎那个充满死亡的墨西哥北方小城。这部分的情绪悠然回荡着一首哀伤的歌曲，尽管一些细节的震撼力并不比第四部分弱，然而这更是一种尽在不言中让人既恐惧又哀伤无奈的调子。